結合司法實踐特許經營糾紛產生的原因，目前普遍原因在于特許經營合同的不規范性，主要表現為：
1、特許人不具備開展特許經營的資質。《條例》規定特許人應當擁有成熟的經營模式，具備為特許人持續提供經營指導、技術支持和業務培訓的能力，并應當擁有至少2個直營店且經營時間超過1年。部分特許人不具備上述經營資質，但仍開展特許經營活動。另外，《條例》規定特許人應當在特許經營合同成立后15日內向商務主管部門備案，但大部分特許人未將合同提交備案，逃避了行政主管部門的監管。
2、合同內容不規范。特許經營合同通常系特許人制作的格式合同，雖條文繁多，但多為約束被特許人的條款，詳盡規定被特許人的各項義務，而對特許人的義務及其履行方式、違約責任等則往往語焉不詳，缺乏確定性、操作性。《條例》規定特許人負有向被特許人披露其經營的基本情況等多項信息的義務，但幾乎沒有一個特許人能夠嚴格按照《條例》的規定在簽訂合同前真實、準確、完整地履行信息披露義務。由于信息不對稱，被特許人承擔了極大的商業風險。《條例》規定特許經營合同約定的特許經營期限應當不少于3年，并應當在合同中約定被特許人可以在合同訂立后的一定期限內單方解除合同，但不少合同的期限少于3年，幾乎沒有一份合同約定被特許人享有單方解除權。
3、合同履行不規范。特許人普遍不嚴格履行合同義務。大部分特許人怠于履行對被特許人持續的經營指導、技術支持及業務培訓等義務;有的特許人在收費后甚至對被特許人不聞不問，連最基本的經營操作手冊都不予提供。被特許人也存在違反合同約定的行為。有的被特許人不向特許人提供真實的銷售額，以規避合同約定的按經營業績的一定比例上交的管理費;有的被特許人未按合同約定的渠道購買原材料，未嚴格按照特許人統一的經營模式開展經營活動等。
除了上述存在的不規范性因素外，糾紛的直接原因在于經營達不到預期收益效果。 被特許人加盟店經營狀況不佳。被特許經營人多為個人投資者，市場分析能力不強、風險抵御能力較弱，很多糾紛源于加盟店經營狀況達不到預期，被特許經營人起訴要求解除特許經營合同。
另外，導致被特許人經營困難的深層次的原因往往是因為特許經營項目不成熟，特許人的品牌、技術等經營資源不具有市場競爭力等因素。
